プラグインはつかってません。
MTのコンテナタグだけです。

<$MTCommentOrderNumber$>
でコメントに番号を付けることができます。
これを利用してコメント投稿者名の前に番号を振ります。

※あくまで2ch風なだけでまったく同じではありません。
もし>>で引用を使いたい場合は
別途プラグインが必要となります。
mt-link-numberの
導入をご検討ください。

個別エントリーアーカイブの
コメント　以下を
下記のように書き換えて保存＞再構築でおｋです。

<MTComments>
<div class="comments-post"><$MTCommentOrderNumber$> ：<$MTCommentAuthorLink default_name="Anonymous" spam_protect="1"$><MTCommentAuthorIdentity>さん ：<$MTCommentDate format="%x(%a)%X"$>
</div></div>
<a id="c<$MTCommentID$>" name="c<$MTCommentID$>"></a>
<div class="comments-body">
<$MTCommentBody$>

</MTComments>

【追記】
<$MTCommentDate format="%x(%a)%X"$>
コメント日時に曜日を追加する表記です。
2006年02月04日(土)21:51という表記になります。

nomonionさんのブログで文字が大きくなってしまった
とのご報告をいただいたので追記します。
div要素はスタイルシートに関連する設定です。
環境によって
div名は上記と異なると思いますので
div名は書き換えてつかってください。
このままコピペすると
スタイルシートの方で
comments-postという名前で
設定をしていないと文字サイズや色などが反映されません。

ちなみに私のブログの
コメント投稿者の文字装飾の設定は以下のようになっています。
スタイルシートのテンプレートに

/* 「コメント」投稿者 */
.comments-post {
font-family: Verdana, Arial, sans-serif;
　　　　　　　　　　　　 font-weight:bold;/*フォントの太さ（太くしない場合は削除してください） */
font-size: 13px; /*文字サイズ */
color: #333333;/*文字色 */
text-align:left;/*文字揃え右よせにしたい場合はright */
padding:0px;
margin-top:20px;/*コメントとコメント間の余白 */
margin-bottom:0px;
}

以下書き換えで同じ反映結果になります。
言葉足らずですみません。

【参考書籍】

Movable Type公式タグリファレンス